Cet hôpital a son origine dans une fondation médiévale qui était placée dans un endroit différent d’aujourd’hui et avec un nom différent, Nuestra Señora de los Llanos (Nôtre Dame des Plaines). Il avait une confrérie du même nom et il était occupé par des bigotes de Saint François. Il était aussi très lié à l’Ordre de Calatrava lequel était très dévoué à la Vierge des Plains (sculpture gothique aujourd’hui disparue) et favorisait l’hôpital.
Les nones qui habitaient l’hôpital et qui s’occupaient des malades l’abandonnèrent et ont fait appel aux frères de Saint Jean de Dieu pour prendre en charge le fonctionnement de l’hôpital. À leur arrivée ils construisirent un nouveau bâtiment en achetant des maisons près du pré de l’ermitage de Saint Blaise et en face des maisons du Marquis de Santacruz.
En 1775 commencèrent des travaux de rénovation qui vont changer son image tel comme nous la connaissons aujourd’hui.
Avec le désengagement l’ensemble du couvent va disparaître et l’Hôpital va être transformé en Cave à Vins.
L’hôpital de San Juan de Dios était formé linéairement en suivant la façade, par une grande salle où l’hôpital et l’église sont connectés, ayant pour finalité que les malades puissent participer depuis leurs lits aux offices religieux.
La façade est en briques et en mortier avec une porte simple en arc déprimé. Il y a une correspondance entre les fenêtres de l’étage inférieur et les petites du supérieur.
La façade du presbyterium de l’église donnant sur le pré de San Blas présente des caractéristiques similaires à celles des églises des carmélites.
L’intérieur de l’église est formé par deux espaces plus un presbyterium carré, couvert par une voûte en berceau supportée par des arcs et avec des entrevous. La chapelle est couverte par une voûte d’arête, elle avait trois retables, un principal et deux latéraux décorés avec des peintures murales populaires. L’hôpital avait une nef diaphane où se trouvent les lits des malades, et les dépendances des curées et médicales.
La partie qui était occupée par le couvent est aujourd’hui un espace scénique usé par la Compagnie Nationale de Théâtre Classique, et la partie qui était occupée par l’église et par l’hôpital est aujourd’hui le siège de l’Espace d’Art Contemporain d’Almagro.